在HACCP的运用过程中，使用微生物标准，是进行关键控制监测最有效的方法。关键控制点监测也可用物理、化学及感官评估等方法来完成。
1、危害分析
要从原料的生产、加工工艺步骤以及销售和消费的每个环节可能出现的多种危害（包括物理、化学及微生物的危害）进行确定，并评价其相对的危害性，提出预防的措施。
2、关键控制点（CCPS）的确定
关键控制点是指那些若控制不力就会影响产品的质量，从而危害消费者身体健康的环节。一般说来，关键控制点要少于6个。一旦被确定为关键控制点则都要照例进行监测。所以说，关键控制点的选择是HACCP系统的主要部分。
3、设定管制CCPS的标准
对已经确定的每一个CCPS，都必须制订出相应的管制标准和适当的检测方法。经常管制的标准包括：时间、温度、水份活度（a.）、PH值、可滴定酸盐的浓度、防腐剂含量、有机氯浓度等。
4、标准设定后，每一个CCPS都必须进行例行监测，以确保每一环节都维持在适当的管制状态下。每次CCPS检测的结果都要进行认真记录、存档，便于今后对可能出现的事故进行分析鉴定。
5、CCPS修正计划
当发现某一个CCPS超出管制标准，应有临时性修正计划，该计划包括如何使CCPS回复到再管制状态以及建议在CCPS超出管制标准期间所生产的产品如何处理。
6、HACCP系统有效性确认
HACCP系统有效性确认是通过对最终产品进行微生物、物理、化学及感官检测来完成的。特别是微生物检测是最为有效的确认指标，但微生物检测法通常不直接用来检测CCPS。有效性确认可以是厂家自查或请政府检测机构来完成。
作用： 运用HACCP可以系统地对水产品生产、流通和消费中的危害及风险进行分析。在水产品的生产初期应用HACCP，可以对一些特别的危害和控制措施进行识别，当产品的安全控制与生产加工过程溶为一体时，可以减少对最终产品的测试，资源得到有效利用。HACCP的原则应该贯彻于鱼从养殖场到餐桌的食品安全过程中，从而提高消费者对养殖产品的信任度。
HACCP体系在水产品中的运用已在国际上得到重视。欧盟和北美已强制实行HACCP。美国FDA（1994）证实，在美国的水产品加工方面，因为HACCP的运用，已经防止了大约20%～60%由水产品携带的各种疾病。一些国际组织提倡协调执行HACCP。不采用或不执行HACCP的国家最终将失去水产品的出口贸易，由此带来的经济损失将是巨大的。