一、准备阶段
建立HACCP领导小组，决定工作计划和目标，保证推行HACCP计划所需人力、物力到位。
进行HACCP培训，提高对推行HACCP的必要性和HACCP知识的理解，达成共识。
收集相关资料，包括企业现有管理标准、工作标准、技术标准等。
对企业管理现状进行分析、评估。
确定认证产品，进行产品描述及绘制工艺流程图，分析危害和关键控制点。
根据GMP和SSOP的要求，结合企业实际情况，初步编制HACCP计划书、质量手册及质量记录等相关文件。
组织有关人员进行文件讨论。
二、实施阶段
根据HACCP计划书、质量手册及质量记录等相关文件内容进行全员或关键工序员工的培训。
按照文件要求进行现场指导HACCP质量文件的模拟运行。
根据模拟运行情况，对HACCP计划书和质量手册进行验证、修订。
对质量记录进行分析整理、验收和修订。
根据模拟运行中暴露的问题，查找原因，对不符合指导整改，对HACCP计划书和质量手册内容进行修订。
提交正式文件
三、申请认证阶段
企业在提交认证申请前，应与认证机构进行全面有效的信息沟通。
企业向认证机构提交认证申请书、文件资料时，双方应约定审核依据等。
认证机构将根据自身的专业资源及审核业务范围，决定受理企业的申请，并与申请方签署认证合同。
在认证机构受理企业申请后，申请企业应提交与HACCP体系相关的程序文件和资料，例如：HACCP计划书、质量手册、厂区平面图、生产工艺流程图、车间布局图等，申请企业还应说明已充分运行了HACCP体系。
审核过程一般分为二个环节
审核准备，进行文件审核，包括HACCP计划书、质量手册等相关文件。
在企业现场，听取介绍，进行提问，考察生产现场，查验质量记录等，审核小组主要审核评估HACCP体系，各质量安全控制程序的适宜性、符合性、有效性等。
审核结束，审核小组将根据审核情况向申请方提交审核报告和结论：不通过、推迟、通过、或提出不符合项的纠正措施，申请方应在规定时间内采取有效纠正措施，并经审核小组结束再次跟踪验证符合后，关闭不符合项，将最终审核结果报技术委员会审定批准，向申请人颁发认证证书。
