HACCP体系的建立，需要科学依据。国际食品与法典委员会（简称CAC）在《HACCP体系及其应用准则》明确规定“HACCP体系以科学性和系统性为基础，识别特定危害，制定控制措施，确保食品的安全性，HACCP应独立地应用于各个特定食品的生产中”，同时，准则要求对产品进行描述，每个工序进行分析。但现在的食品企业在建立HACCP体系时，特别是对关键控制点的确定，过于随意或依靠经验，无评价或评估数据来支持。特别是水产加工企业，第一根据美国的水产《危害分析指南》，第二凭照个人主观认识。再有，产品名称不具体（特别水产品名称，不懂学名），没有对每一个产品逐一进行危害分析，HACCP计划的名称笼统不清晰的典型例子还有：饮料的HACCP计划、调味品的HACCP计划、含肉点心的HACCP计划等等。
企业的HACCP体系的建立，抄袭现象严重。由于HACCP体系应用在中国快速发展，社会已形成以认证、咨询机构或出版社为主的“HACCP产业”。发行大量HACCP体系建立指导书，同时也涌出连食品概念都说不清楚的审核员和所谓的咨询专家，通过指导书提供的范例或培训教学的案例把他套在企业中去。笔者曾经在检查一个省的三家烤鳗生产企业，发现生产工艺不同（有的是经蒸煮工序后再进入烧烤阶段，有的是无经蒸煮直接进入烧烤）的三家企业在对致病性微生物的控制设定的指标是一样的，问为什么这样设置？有没试验数据？回答，没有，大家都是这样设置的。所以说，在中国，食品企业HACCP体系的建立抄袭现象严重，很多知其然而不知其所以然。
管理人员缺乏对HACCP体系的系统培训。笔者在检查食品加工时发现，很多企业获得了HACCP认证后，员工在实际工作中按HACCP体系要求贯彻执行主动性不强。其原因是企业在推行HACCP体系时，个别企业为了节约成本，减少了教育培训的费用，管理人员和普通员工HACCP知识培训不到位，不能很好地理解和执行HACCP体系的要求。再有，企业领导忙于接洽业务、销售产品，忽略了产品生产过程的HACCP体系管理，即使有时发现问题，也只能头痛医头，脚痛医脚。