危害识别
食品的危害识别在HACCP体系中是十分关键的环节，它要求在食品原料使用、生产加工和销售、包装、运输等各个环节对可能发生的食品危害进行充分的识别，列出所有潜在的危害，以便采取进一步的行动。食品中的危害一般可分为生物危害、化学危害和物理危害。
生物危害
生物危害包括病原性微生物、病毒和寄生虫。
病原性微生物一般会导致食源性疾病的发生，且发病率较高。在美国平均每年达3万多例，我国每年报告的集体发病事件，多数也属于食源性疾病。病原性微生物对人体健康造成的伤害包括食源性感染和食源性中毒。食源性感染会造成腹泻、呕吐等症状；食源性中毒，即食物中毒，对人体造成的危害更加严重。病原性微生物主要的来源是，在适宜的环境如营养成分、pH值、温度、水活度、气体（氧气）等条件下，微生物会快速繁殖，从而引起食物腐败变质。
病毒比细菌更小，食品携带上病毒后，可以通过感染人体细胞从而引起疾病。如1998年春天上海暴发的大规模甲肝，造成大约30万人感染上甲型肝炎病毒，导致发烧、腹痛腹泻、肝脏炎症并伴有黄疸等症状。病毒污染食品的途径一般如下：一是动植物原料环境感染了病毒，如上海甲肝病流行就是人们食用的毛蚶生长水域感染了甲肝病毒。二是原料动物携带病毒，如牛患狂犬病或口蹄疫。三是食品加工人员带有病毒，如乙肝患者。
寄生虫通常寄生在宿主体表或体内，通过食用携带寄生虫的食品而感染人体，可能出现淋巴结肿大、脑膜炎、心肌炎、肝炎、肺炎等症状。比如人们比较熟悉的猪囊虫病，就是人们食用了未煮熟的囊虫病猪肉而被感染。
寄生虫污染食品的途径有以下几种：一是原料动物患有寄生虫病，二是食品原料遭到寄生虫卵的污染，三是粪便污染、食品生熟不分。
化学危害
化学危害一般可分为天然的化学危害、添加的化学危害和外来的化学危害。
天然的化学危害来自于化学物质，这些化学物质在动物、植物自然生产过程中产生，如人们常说的毒蘑菇、某些生长在谷物上的霉菌可以生成毒素（比如黄曲霉毒素可以致癌）、河豚中含有的毒素、某些贝类因食用一些微生物和浮游植物而产生贝毒素。
添加的化学危害是人们在食品加工、包装运输过程中加入的食品色素、防腐剂、发色剂、漂白剂等，如果超过安全水平使用就成为危害。
外来的化学危害主要来源于以下几种途径：一是农用化学药品，如杀虫剂、除草剂、化肥等的使用。二是兽用药品，如兽医治疗用药、饲料添加用药在动物体内的残留。三是工业污染如铅、砷、汞等化学物质进入动植物及水产品体内，食品加工企业使用的润滑剂、清洁剂、灭鼠药等化学物质污染食品。
化学危害对人体可能造成急性中毒、慢性中毒、影响人体发育、致畸、致癌甚至致死等后果。
物理危害
物理危害是指在食品中发现的不正常有害异物，当人们误食后可能造成身体外伤、窒息或其他健康问题。比如食品中常见的金属、玻璃、碎骨等异物对人体的伤害。物理危害主要来源于以下几种途径：植物收获过程中掺进玻璃、铁丝铁钉、石头等；水产品捕捞过程中掺杂鱼钩、铅块等；食品加工设备上脱落的金属碎片、灯具及玻璃容器破碎造成的玻璃碎片等；畜禽在饲养过程中误食铁丝，畜禽肉和鱼剔骨时遗留骨头碎片或鱼刺。
危害评估
所谓危害评估就是对识别出来的食品危害是否构成显著危害进行评价。事实上，HACCP体系并不是要控制所有的食品危害，只是控制显著危害。显著危害控制住了，也就降低了食品危害风险系数。
哪些危害是显著危害？一般应从两个方面来确定：一是发生的可能性（风险性），二是一旦控制不当会给人们带来不可接受的健康损害（严重性）。在实践中，一般是根据工作经验、流行病学数据、客户投诉及现有的技术资料、信息来评估危害发生的可能性；用政府部门、权威研究机构向社会公布的风险分析资料、信息来判定危害的严重程度。需要注意的是，在进行危害分析时必须考虑到加工企业无法控制的因素，如销售、运输环节及食用方式等。这些因素应在食品包装上以适当的文字或图形加以说明，给消费者合适的信息，防止食品在食物链后期发生不必要的食品危害。对某些食品还应注明合适的消费人群，由于消费群体的不同或食用方式的不同，有时可能造成危害，有时可能不构成危害，比如儿童食用果冻就曾经发生过窒息死亡事件，鱼骨鱼刺对成年人来说通常不是危害，但对儿童就有可能构成危害。
食品危害的识别和分析一般由食品加工企业HACCP体系负责小组来完成，也可以聘请技术专家来指导完成。同时，HACCP体系负责小组应对历史上发生过的一些食品安全事件加以关注，尤其是流行病的发生，以充分考虑新出现的食品危害。比如，对来自欧洲的牛肉，前几年可能不会考虑疯牛病带来的危害，而现在则应将其作为显著危害来对待。
在危害识别、分析过程中，HACCP体系负责小组应组织人员以自由讨论方式进行，集思广益，广开言路，尽可能发现潜在危害，防止遗漏显著危害。
控制措施
控制措施是预防措施而非纠正措施，即通过预先的行动来防止或消除食品危害的发生或将其危害降到可接受的水平，而控制措施主要是针对显著危害而言的。在实践中，可以有很多方法来控制食品危害的发生，有时一个显著危害只需一种控制方法就可以控制，有时可能同时需要几种方法来控制；有时一种方法也可以同时控制几种不同的危害。一般情况下控制措施有几种：
生物危害的控制措施
对病原性微生物（细菌）的控制可以有以下几种措施：加热和蒸煮，可以使致病菌失活。冷却和冷冻，可以抑制细菌生长。发酵或pH值控制，可以抑制部分不耐酸的细菌生长。添加盐或其他防腐剂，可以抑制某些致病菌生长。干燥，通过高温或低温干燥，可以杀死某些致病菌或抑制某些致病菌生长。
源头控制，从非污染区域和合格供应商（如捕捞许可证、检疫证明等）采购食品原料。
化学危害的控制措施
源头控制：对化学危害的控制有时比控制生物危害更加困难，如农药、兽药的残留问题，一般可考虑从非污染区域和合格供应商采购食品原料，有条件的可以选择通过有机产品认证的食品原料。
加工过程控制：合理使用食品添加剂。
物理危害的控制
对物理危害的控制：一是靠预防，如通过供应商和原料控制尽可能减少杂质的掺入；二是通过金属探测、磁铁吸附、筛选、空气干燥机等方法控制；三是通过眼看、手摸等方法进行人工挑选。