目前，大多食品企业，特别是出口食品企业在HACCP原理的基础上建立了食品安全管理体系，通过建立和实施食品安全管理体系，提高了食品安全管理水平，保证了食品的安全卫生质量。但是，食品企业在建立和实施食品安全管理体系过程中，由于种种原因，导致体系的建立和实施存在问题，影响了体系在保证食品安全方面的有效性。
体系建立和实施中常见问题
领导重视不够
领导的重视和参与是企业建立和有效实施管理体系的关键。这里所说的领导重视不够，是指食品企业的管理者没有把管理体系的重视落实到行动上，没有使管理体系在组织的各层次得到贯彻执行。由于领导重视和参与不够，使得整个组织的人员对体系的作用认识不足、学习不够，导致体系的文件规定得不到有效的执行，使体系和组织的实际管理要求出现了“两张皮”。
培训不足
许多企业的食品安全管理人员没有受到系统、有效、经常性的食品安全管理体系知识的培训。笔者在审核过程中，经常遇到许多人员不知道体系文件规定的情况。这种培训的欠缺，导致食品企业建立的食品安全管理体系缺乏符合性和适宜性，也导致实际操作偏离文件规定的情况时有发生。
专业人员缺乏
目前，食品企业不仅存在招工困难的问题，而且还突出地存在缺乏掌握食品安全、食品检测和管理体系要求知识的专业人员的问题。食品企业由于受种/养殖基地的限制，大多位于乡村或城郊，因受生活条件的影响，食品企业很难招到相关专业的高学历人员。企业保持和实施已建立的管理体系所需的合格的内审员更是缺乏。
体系持续改进性欠缺
由于存在以上问题，使得有些食品企业很难进行一次像样的内部审核，普遍存在内部审核不深入、走过场的现象，难以发现体系运行中存在的问题，改进体系更无从谈起；即使在内部审核时发现了问题，也往往只是纠正，而不能够采取有效的纠正措施或预防措施，造成体系的有效性大打折扣。
实验室检测能力低
除了大型的食品企业外，许多小型企业实验室不健全，缺乏检测设备和检测人员。产品合格与否经常依赖官方的抽检或委托检验等，阻碍了体系要求的日常监测工作的开展实施。
HACCP计划建立和实施常见问题
一是HACCP计划没有分品种建立，导致HACCP计划过于笼统，缺乏针对性。
二是流程图与实际不符，比如有些企业现场存在用两种手段/工艺加工同一种产品，而在流程图中只列明一种，有的在原料接收后有暂存环节，但在流程图中没有体现等。
三是产品描述没有体现安全特性方面内容，对于产品特性多描述为“富含维生素、营养丰富”等，而没有描述蛋白质含量、水分、盐分、ph值等内容。
四是危害分析不充分，应该分析出的危害没有分析出来或危害的描述过于笼统。比如，在原料验收环节，有的描述化学危害为农药残留，而没有列明具体是哪些农药残留等。
五是关键控制点的确定不正确，表现为有的生产加工环节应该为关键控制点却没有识别，或关键控制点识别得太多，重点不突出。
六是关键限值确定不合理，主要表现为将关键限值和操作限值混为一谈，比如对金属危害控制的金属探测工序这一关键控制点的关键限值，将金属探测器的使用说明书作为关键限值的确定依据；将关键控制点———杀菌环节的关键限值确定为100~110℃，10~15分钟；对关键限值偏离熟视无睹，监控人员认为稍微偏离一点没有问题等。
七是监控程序不合理，具体表现为监控方法不正确、监控频率不合理、监控对象错误等，比如，对于采用蒸汽加热而没有自动控温手段的加热设备来讲，采用按一定的时间间隔监控的频率是不合适的。
八是纠正措施规定不到位，具体表现在对关键限值可能的偏离识别不到位和制定的纠正措施不符合要求，缺乏必要的控制内容。
九是没有对体系进行确认，或不能获得有效的确认证据。
十是验证程序不能根据实际体现记录复核、设备校准、产品检验等内容。实际操作中，还存在不按照验证程序的规定时间或频率对记录进行复核、设备校准、产品检验等情况。
计划建立和实施中常见问题
一是可追溯系统没有建立或产品的可追溯性不能实现。
二是没有对产品召回程序进行详细策划，建立的召回程序过于简单，可操作性差，也没有进行模拟演练以对程序合理性和可操作性进行验证。
三是应急准备和响应程序中对应急情况的识别不到位，防止应急情况发生和发生时应急措施的制定不到位，没有将文件要求的内容对员工进行培训，也没有在可行时进行演练。
四是设备管理等文件没有考虑食品安全方面应注意的事项，如为防止食品污染，对设备维修后油污清理工作的要求没有体现等。
五是文件和记录的控制不符合要求，表现为文件未经批准就使用、作废文件与现行文件并存、找不到文件及记录、记录不按照规定分类存档、不按照规定期限保存、没有规定记录保存期限等。
六是计量器具的管理不符合要求，表现为不按照要求定期检定/校准、校准方法没有科学依据、不标明计量器具的校准状态等。
七是卫生标准操作程序（ssop）和良好操作规范（gmp）等执行中存在不符合的情况，如饮用水管落地、不能按照要求对水质进行日常检测、车间温度以及冷库温度不符合要求等。
上述情况的存在，阻碍了食品企业食品安全管理体系的正常运行，妨碍了食品安全管理水平的提高，增加了不安全食品出现的可能性。（