(1)实行HACCP可以促进食品质量水平的不断提高，但对小型食品企业来说进行危害分析采取CCP措施是比较困难的，而我国目前中小型设施的食品企业占多数，因此对于还没有条件实施HACCP的小型和部分中型食品企业应重点在提高食品工艺水平上下功夫，等待条件许可逐步实施HACCP系统管理。
(2)卫生监督部门虽然也可运用HACCP系统进行管理，但这种管理方式只有成为企业自身卫生管理的内容时才能显示出其优越性。
(3)对同一个关键控制点，每个人的观点会有不同，如一味强调哪个正确是没有意义的，重要的是是否控制了危害。
(4)同一种危害的严重程度在不同条件下会有不同的判定。如单核细胞增生型李斯特菌，对胎儿、婴儿、免疫抑制者会造成威胁生命的疾病，而对健康成年人则引起中度或轻微疾病，也就是高敏人群比健康成年人会造成更严重的后果。因此在分析一种危害因素的严重性时要考虑到工艺和对象等不同条件。
(5)在实施HACCP中涉及的卫生要求大部分不是法定标准，而卫生要求与国家法定的卫生标准两者有严格的区别，前者具有较大的自由裁量余地，而后者只有遵照执行。虽然《食品卫生法》第九条规定“其他不符合食品卫生标准和卫生要求的”也作为禁止生产经营的食品，但这是指最终产品，而不是指生产过程，因此还必须逐步完善《食品卫生法》第八条的派生性法规，使HACCP成为我国法规建设的一个部分，从法律上将这个管理系统规定下来。
(6)在HACCP实施中，要以科学为依据，实事求是，扎扎实实地工作，绝不能推论和凭空想象
