调味品生产过程中存在的危害主要包括：生物性危害如黄曲霉毒素B1和细菌污染如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等；化学性危害如原料大豆和小麦在生长和贮存过程中使用的杀虫剂、杀菌剂等农药残留，食品添加剂（如苯甲酸钠、山梨酸钾）、清洁消毒剂（如洗洁精、二氧化氯）、重金属污染等；物理性危害如碎玻璃、砂石等，因此危害分析的预防措施应涉及从原料到调味品灌装前的每一个步骤。
酱油、食醋、腐乳等酿造调味品是人们生活必需品，虽然原料不同，产品形态、风味各异但有近似的生产工艺流程，使其关键控制点有近似之处。
工艺流程：菌种（制曲）原料接收→原料处理→发酵→装瓶（灌装）→灭菌→成品
1．原料接收 无论是制造酱油的豆粕、制造腐乳的大豆、制造食醋的淀粉质原料以及麸皮、小麦和各种辅料，都存在着农药残留、黄曲霉毒素、砂石、金属等显著危害。
2．原料处理 酱油生产在蒸料过程中，蒸锅残留的原料容易导致杂菌生长而污染下批原料腐乳加温浆加温温度达不到标准容易产生杂菌。
3．菌种培养（制曲） 酱油、食醋制曲，腐乳在菌种培养过程中易被杂菌污染。
4．发酵 发酵过程中易被杂菌污染（包括致病菌）。
5．灌装 玻璃碎块、金属及其他异物。
6．灭菌 酱油、食醋灭菌不彻底会被杂菌污染。
7．防腐剂 酱油、食醋添加防腐剂过量会对人体造成危害。