动物性食品的微生物污染来源很多，主要来自动物本身，其他来源包括加工用水、工厂设备加工工人等。
为了对生肉进行卫生控制，目前广泛采用危害分析关键控制点制度，简称为ＨＡＣＣＰ制度，其目的是对肉和禽加工的有关危害进行评价，确定肉和禽加工中的关键性控制点（ ＣＣＰ），控制最重要和最有效的地方，建立监督（检查和验证）关键控制点的程序。ＣＣＰ的鉴定和有效控制是连续的过程，需要对危害分析和控制措施的有效性不断地进行评价。
ｌ 危害和危害分析
危害分析是对生产加工、销售、原料利用或食品消费过程中各个过程的评价。它包括：①确定可能含有有害物质、病原或者大量腐败微生物的、有潜在危险的原料和食品，并且确定支持微生物生长的底物和条件。②通过观察加工的每个步骤和操作过程，确定化学和微生物学污染的来源以及特定位点。③确定某加工中可能存在的微生物或者毒物。④确定微生物增殖的可能性。
因此，危害就是食品中和安全即腐败有关的微生物的生长、存活或者污染超过了可接受水平，或者食品中微生物代谢产物的产生或存在超过了可接受的水平。
所有现存的产品、加工者欲生产的任何新产品和原料、配方。加工、包装、销售发生较大变化时，以及对产品的安全即货架期发生不利的影响时，都应进行危害分析。
在危害分析中需要强调的一些重要问题有：
１．１ 产品配方和包装
产品成分是什么？ ｐＨ值多少？有无加入有毒物质？如果加入的，浓度多大？可能存在哪些微生物？数量多少？这些微生物的水活性多大？有无加入保存剂？如果加入了，是什么性质的？用的是什么包装，与产品的稳定性是否匹配？
１．２ 加 工
活畜或者不熟的产品是否易于污染致病菌？这些致病菌在加工中是否易于扩散到胴体和分割肉中？加工（烘烤、烹煮）能否杀死有关微生物？加工后有无发生再污染的可能？在加工或者储存中，微生物有无增殖的可能？
１．３ 产品出售和利用的条件
产品是否在热的或冷的环境温度中储存？在销售、储存和利用中所希望的货架期多长？进食之前可否烘烤后再放置一段时间？如果可以，是否可以在热的、冷的、冷冻的或室温条件下储存？在市场销售中或在消费者手中可能发生的处理不当是什么？
对上述各个问题的解答，加上其他资料，就可以初步评定出可能的危害，包括管理不当对产品安全和稳定性影响的评价。
在许多情况下，较好的、必须的做法是用试验来检查评定。用试验检查有关微生物和化学物质是否存在，或用适当的食源性病原、可能的腐败微生物接种产品。所接种的食品必须经过常规加工、在所在市场条件下包装，然后再进入储存、销售以及所希望的利用条件中经受考验。这种评定应当包括管理不当对产品安全和稳定性影响的评价。
试验程序包括接种剂量的大小，以及其他细节，应在食品微生物专家或毒理专家或相应条件下进行。
２ 关键控制点
什么是关键控制点？在加工线上的一个点或一个以上的点，或食物链的一个阶段或一个以上的阶段检测到的危害，可以在某些交接点加以消除。这些能够消除危害的关键交接点称为关键控制点。
在本文中的关键控制点的定义是指能用指数控制的位点或加工程序。这些位点和加工程序如不进行适当控制，可能引起食源性致病菌或腐败菌的污染、存活或者生长使产品不可食用，或产生、存在微生物代谢产物而不可食用。
购进的原料可能成为关键控制点，尤其是没有消除危害的后续措施时，或者其中的污染物是有热抵抗力的芽胞时。很明显，热加工的时间和温度是关键控制点。与此相似，产品冷却前、冷却中和冷冻中的温度、冷却的体积、产品储存时间长短也是关键控制点。产品，特别是热加工产品所接触的设备的清洁程度常常成为关键控制点，处理熟制品的工人也是关键控制点。
有时候，关键控制点是在危害分析过程中，或在调查由于操作程序造成疾病暴发的过程中发现的。有时候，需要广泛研究食品或加工才能确定适当的控制点。在发生微生物污染、存活或生长时，为确定加工过程和环境的控制点，在统计学上，需要应用有效的取样方法并重复数次才行。
关键控制点和全面质量控制不同之处在于，ＨＡＣＣＰ的关键控制点仅和操作有关，如果操作不正确，可能引起食源性疾病或腐败，它和风味或质量并无直接关系。所以，它们对保障安全和维持产品满意的货架期是重要的。关键控制点用于全面质量控制是指依照规定所采取的措施。这些可能和规定的安全、卫生、数量、风味或标准加工程序有关，有些和食品安全无关或间接有关。
危害分析和关键控制点的确定，可由合格的工厂职员、聘请的顾问、合格的食品安全和检验职员，或由上述人员共同进行。但是，该系统的综合和最后批准应由合格的ＦＳIＳ顾问和技术职员来确定。
３ 监 督
关键控制点的监督必须是连续定期地进行，才能保证它是在控制之下。监督包括观察、测温、采样。进行适当的化学、物理或微生物学分析。每个关键控制点都要制订适当的监督检验措施，具体规定评定频率，必须记录数据。
监督的类型取决于关键控制点的具体性质。例如，当原料成为关键控制点时，就要具体规定详细的微生物学的、化学的、其他试验的、取样计划的原始材料和采用的限制。理想的做法是：由供应者进行所需的试验，保证产品送到使用者之前，和具体的关键控制点是符合的。使用者根据收条检验货品，尤其是货品来自新的供应商时，为保证原料质量在应用之前的良好状态，还应当监督原料的储存条件。
加工过程关键控制点的监督一般采用物理学。化学试验，因此可以较快地获得结果。对加工条件也要进行微生物学监督，例如卫生措施是否有效常用微生物学试验进行监督。如果存在热稳定毒素潜在危险时，在产品热加工之前还要检查产毒微生物，以便评价可能存在的危害。
观察是监督许多屠宰和加工关键控制点的重要手段。执行监督的工作人员需要经过适当训练。监督关键控制点应当采用核查表，应当详细标明关键控制点的部位、监督程序监督频率、满足要求的具体标准。
成品的微生物学试验的监督作用有限。产品的ｐＨ、水活性、保存剂水平、含盐量等因素的测定，会提供比较安全和稳定的资料。但是，有时候，成品的微生物学检查例如熟的烤牛肉的沙门氏菌检查就会提供有价值的资料。
ＨＡＣＣＰ的目的在于为食品安全提供高度保证。但是，进行分析的人、鉴定关键控制点的人、挑选监督程序的人，必须对食品科学、食品微生物学或许多毒理学、甚至肉和家禽的技术和加工都要有较好的知识。监督关键控制点的职员、评价关键控制点监督的人、虽不需要这么多的科学教育，但他们必须具有进行适当感官的、化学的、物理的或微生物的监督的技能。