转基因食品是否会对人体健康造成“潜在的伤害”，直到今天还存在巨大争议和悬念。从事生物安全的专家，对被破坏又重建的基因链刚刚提出质疑，从事生物技术的科学家就会用另外一整套数据予以反驳。 英国的一位研究人员最先公布的实验结果说：用含有转基因的马铃薯饲养大鼠，引起了大鼠器官生长异常、体重减轻、免疫系统遭到破坏。实验结果立即引起轰动，英国公众对转基因食品的安全性纷纷表示怀疑。但是不久，英国皇家学会在专门对此组织的评审中，却对这项实验指出6条缺陷：不能确定转基因和非转基因马铃薯的化学成份有差异；对食用转基因土豆的大鼠，未补充蛋白质以防止饥饿；供试动物数量少，饲喂几种不同的食物，且都不是大鼠的标准食物，缺乏统计学意义；试验设计差，未作双盲测定；统计方法不当；试验结果无一致性等。
2002年，英国《自然》和美国《科学》杂志又陆续报道：纽卡斯尔的研究人员发现，转基因食品中的DNA片段可以进入人体肠道中的细菌体内，这似乎证明肠道的菌群会对抗生素产生抗性。英国食品标准协会为此做了关于转基因食品安全的第一个人体实验———哈里·吉尔伯特等学者给12名健康志愿者和7名手术切除部分结肠的志愿者，吃了含转基因大豆的汉堡包和牛奶冰激凌食品。结果发现：健康者的粪便中没有发现转基因大豆的转基因。但是，在那些切除过结肠的受试者的粪便中，确实发现了3.7％的大豆转基因，这一结果提示：有极小量的细菌摄入了大豆转基因。但这一数据没有受到研究人员的重视，他们肯定地说，没有任何证据证明这种转基因的漂移对人有副作用。英国皇家协会的研究指出基因食品可能带来过敏等不良症状，而且对儿童和婴儿的危险尤其大。国际上许多国家和环保团体都呼吁对基因食品进行标签，进而停止转基因生物的商业性释放。
在中国，科学家们对转基因的安全也泾渭分明地分为两派，中国农业大学校长陈章良接受采访时说，“我是一个坚决支持转基因的人。转基因食品美国已经吃了6年，我们已经吃了3年，没有见过有一个人吃了有什么不好的结果。中国大豆的50％是进口的转基因大豆，它们主要来自于美国和阿根廷，这些大豆主要用来榨油。我们吃的豆油、豆腐、豆浆等等，其实都是转基因的，我们一直在吃，但并没有什么问题。”。我国中科院《科学新闻》发表的一篇文章，将转基因食物“可能”对人类健康的危害总结为三点：一，转基因作物中的毒素可引起人类急、慢性中毒或产生致癌、致畸、致突变作用；二，作物中的免疫或致敏物质可使人类机体产生变态或过敏反应；三，转基因产品中的主要营养成份、微量营养成份及抗营养因子的变化，会降低食品的营养价值，使其营养结构失衡。到目前阶段，对转基因安全性的一个比较客观的评价是：这是一个无法证实也无法证伪的命题。