按照农业部绿色食品、无公害农产品、有机食品认证工作“三位一体、整体推进”的战略部署，有机食品认证程序及有机食品标志已正式启用。
有机食品认证程序
1、申请
申请者向中心（分中心）提出正式申请，填写申请表和交纳申请费。申请者填写有机食品认证申请书，领取检查合同、有机食品认证调查表、有机食品认证的基本要求、有机认证书面资料清单、申请者承诺书等文件。申请者按《有机食品认证技术准则》要求建立：质量管理体系；生产过程控制体系；追踪体系。
2、认证中心核定费用预算并制定初步的检查计划
认证中心根据申请者提供的项目情况，估算检查时间，一般需要2次检查：生产过程一次、加工一次，并据此估算认证费用和制定初步检查计划。
3、签订认证检查合同
l 申请者与认证中心签订认证检查合同，一式三份；
l 交纳估算认证费用的50%；
l 填写有关情况调查表并准备相关材料；
l 指定内部检查员（生产、加工各1人）；
l 所有材料均使用文件、电子文档各一份，寄或E-mail给分中心。
4、初审
l 分中心对申请者材料进行初审；
l 对申请者进行综合审查；
l 分中心将初审意见反馈认证中心；
l 分中心将申请者提交的电子文档E-mail至认证中心。
5、实地检查评估
l 认证中心在确认申请者交纳颁证所需的各项费用；
l 派出经认证中心认可的检查员；
l 检查员从分中心取得申请者相关资料，依据《有机食品认证技术准则》，对申请者的质量管理体系、生产过程控制体系、追踪体系以及产地、生产、加工、仓储、运输、贸易等进行实地检查评估，必要时需对土壤、产品取样检测。
6、编写检查报告
l 检查员完成检查后，按认证中心要求编写检查报告；
l 该报告在检查完成2周内将文档、电子文本交认证中心；
l 分中心将申请者文本资料交认证中心。
7、综合审查评估意见
认证中心根据申请者提供的调查表、相关材料和检查员的检查报告进行综合审查评估，编制颁证评估表，提出评估意见提交颁证委员会审议。
8、颁证委员会决议
颁证委员会定期召开颁证委员会工作会议，对申请者的基本情况调查表、检查员的检查报告和认证中心的评估意见等材料进行全面审查，作出是否颁发有机证书的决定。
9、颁发证书
根据颁证委员会决议，向符合条件的申请者颁发证书。申请者交纳认证费剩余部分，认证中心向获证申请者颁发证书；获有条件颁证申请者要按认证中心提出的意见进行改进做出书面承诺。