有机农业防治病虫草害的原则是采用的品种及耕作栽培措施必须保证农作物所受病虫草害危害造成的损失最低。在目前的非有机农业生产中，还普遍存在着植保工作忽视综合治理的倾向。在农业生产中，只要能增加产量的措施(如采用高产而不抗病虫的品种、过量的施肥、密植等)就推广。而很少考虑这些措施推广后对病虫草害的发生是否有利？某些措施的推广改变了农田局部的生态条件，常导致病虫草害的猖獗。为防治病虫草害不得不使用化学农药，造成农产品中农药残留的超标和对环境的污染。有机农业则是重点采用适应当地环境的抗(耐)病虫品种，平衡的施肥，培育有较高生物活性的土壤，合理的轮作间作方法等，通过这些措施改变病虫草的生态需要来调控病虫草的发生，将农作物受病虫草的危害降低到最低的程度。
有机农业中防治病虫采用的方法是：
1、采用合适的能抑制病虫草害发生的耕作栽培措施，如采用抗(耐)病虫品、合理的轮作、平衡施肥、调整播种期、覆盖等；
2、保护和利用病虫、杂草的天敌；
3、采用国际有机作物改良协会(OCIA)认证委员会允许使用的可以用来控制病虫草害的植物源、动物源、微生物源、矿物源农药；
4、可以使用热消毒、隔离、色素引诱等物理措施；
5、有机农业生产中不允许使用人工合成的除草剂、杀菌剂、杀虫剂、植物生长调节剂和其他农药，不允许使用甘因工程生物或其产物。