省级人民政府农业行政主管部门自受理农产品地理标志登记申请之日起，在45个工作日内完成申请材料的初审和现场核查并提出初审意见。符合条件的，将申请材料和初审意见报送农业部农产品质量安全中心；不符合条件的，在提出初审意见之日起10个工作日内将相关意见和建议通知申请人。
农业部农产品质量安全中心自收到申请材料和初审意见之日起20个工作日内，对申请材料进行审查，提出审查意见，并组织专家评审。经专家评审通过的，由农业部农产品质量安全中心代表农业部对社会公示。有关单位和个人有异议的，可自公示之日起20日内向农业部农产品质量安全中心提出。公示无异议的，由农业部做出登记决定并公告，颁发《中华人民共和国农产品地理标志登记证书》，公布登记产品相关技术规范和标准。专家评审没有通过的，由农业部做出不予登记的决定，书面通知申请人，并说明理由。
农产品地理标志登记证书长期有效。登记证书持有人或者法定代表人发生变化以及地域范围或者相应自然生态环境发生变化的，登记证书持有人应当按照规定程序提出变更申请。