1、一般原则
1.1有机水产养殖业是一种开放式或人为开放式的系统。在这种系统中，最大限度地限制使用化学药物、人工药物诱导生产的苗种、非天然原料制成的配合饲料，并利用水域的自然生产力来进行生产，以提供高营养、优质的水产食品为根本目的。
1.2有机水产养殖业的生产中应控制外来的投入品，保护利用植物、动物和天然水域的自然生产能力。尽可能持续利用并保护水域资源，维护天然水域的生态平衡。
1.3有机水产养殖涵盖的范围较广，它涉及的水域有淡水、海水、盐碱水和半咸水等；养殖的场地有水库、河流、湖泊、港湾、滩涂、近海和深海等天然水域；养殖的方式有网箱、网栏、网围及增殖放流等；养殖的对象包括各个生产阶段的肉食性、滤食性、吃食性、杂食性及草食性水产经济动物。
1.4在开放水域的野生、固有的水产生物可以作为有机水产养殖对象进行认证，但按照基本程序不能够检查的生物不在本标准范围之内。
2、转换期
2.1有机转换期的确定
转换期不应少于转换生物的一个养殖周期。转换期长短应由认证机构根据转换生物的种类、生命周期、环境因素、养殖场地、养殖水域、过去残存废物、沉淀和水质等因素具体制定。如果认证机构允许引入了其它常规生物，其转换期也应考虑新被引入的生物。
2.2转换计划
转换开始时应制定详细的有机转换计划，转换计划应包括以下内容：
1)历史和现状；
2)转换的时间表；
3)转换的具体内容和措施；
4)转换时可能发生变化的因素。
2.3转换的内容
转换包括养殖水域的确定、养殖对象选择以及营养、疾病控制等养殖过程和水产品捕捞、运输、粗加工等。
2.4转换的条件
下列情况不需要转换期：
1)在水体自由流动而且未遭受本标准禁用物质影响的开放水域的野生固有生物；
2)有机生产的各种条件，如水质、投入品（饲料、药物和其它物质）可以被检查、监控，并符合相关标准。
2.5如果整个养殖水域不能够一次转换，那么被分割的各个小的转换水域应该保证能够满足所有的标准，且还需满足以下条件：
1)常规和有机生产单元之间应该有明显特征的隔离带。
2)转换期内的各个生产过程不能够在有机与常规管理之间来回转换。
3、养殖场地
3.1原则
根据保护周围的水环境和陆地环境的原则确定养殖场地。养殖场地（包括其相关附属场地）应该距离污染源和常规水产品生产有一定的距离并保持养殖水域的生态平衡。
3.2养殖场选址的基本条件（包括地理位置、周围环境等）：
1)方圆100km以内无矿场、核电站等潜在的污染源，以及无废水处理不达标的化工厂、造纸厂、制革厂等；
2)流入养殖场地的地表径流不含有工业、农业和生活污染物；
3)水源要符合GB11607中2类水质标准的要求；
4)养殖场没有发生过严重的不可治愈的水产动物疾病；
5)养殖场在最近三年内未使用过禁用的农药、化肥、兽药和渔药等。
4、养殖对象
4.1原则
养殖对象应该选择适合当地条件（包括环境条件、饵料生物的来源以及养殖对象和水域中和其它生物的协调等）生长的种类，苗种应该主要来源于天然繁育、人工捕捞；经认证机构的许可，也允许使用非自然生产的繁殖方法（如亲鱼的非药物方式催产、鱼卵的人工孵化等）获得苗种。
4.2苗种来源
1)应主要选择自然繁育或在已确认无污染水域捕捞的地方优良品种。
2)引入的外来生物应该来自有机生产养殖系统。
3)如果引入常规水生生物时要得到认证机构的允许，且在有机系统内至少生活三分之二的生命周期。引入的数量每年不超过养殖场同类有机水产动物的10%，但以下情况除外：
1)不可预见的自然灾害或人为危害；
2)有机生产养殖场和有机生产规模扩大；
3)在养殖场内建立另一种新的水产生物的生产；
4)小规模生产。
4.3不允许选择的养殖对象
不允许使用多倍体、转基因技术以及性激素等禁用药物诱导生产的水产生物品种作为养殖对象。
5、管理
5.1放养基本原则
放养的模式、密度、规格和混养的比例等应根据水产生物的生理学和行为学特性来制定。水产生物的活动应符合其天然生态条件下的行为方式。在引进外来生物时，应对当地原有水产生物的健康不产生危害。
5.2应有足够的措施避免下列情况发生：
1)放养对象的逃逸；
2)其它水域生物的侵入；
3)天敌对放养生物产生的影响。
5.3水质管理
1)养殖水质应达到GB11607的2类水质标准。
2)保护和加强微生物、植物和动物间所有生物的良性循环。
3)禁止使用人工合成的肥料，禁止使用有机化学合成药物。
4)不在建筑材料和生产设备中使用影响水体环境和水产动物健康的物质（如含有化学合成物质的材料和渗渍物质）。
5)制定防止水温剧烈变化的措施。
6)生产单位应定期进行养殖水质的检测并进行记录。如果在生产过程中水产养殖生物出现反常行为，应根据生物的需求对水质进行检测，且将检测结果记录在案。
5.4投喂
5.4.1基本原则
饲（饵）料应该营养全面、无污染、新鲜，并且根据水产养殖对象的生长和健康需求投喂。积极倡导使用天然饵料饲养，尽量减少残饲（饵）料流失到环境中。不适合人类消费的经有机认证的农、副产品和野生水产品可以用作有机水产养殖饵料使用。
5.4.2配合饲料的基本要求
1)饲料原料应该由经有机认证的饲料原料或野生饵料组成，经认证机构认可，允许5%（干重）的饲料原料来自常规系统。
2)可以用于制作配合饲料的蛋白源原料有：底层白鲑鱼类的鱼粉、多脂鱼类的鱼粉、海洋哺乳动物加工成的可溶性原料以及经有机认证的植物蛋白。在饲料的配比中，允许50%动物蛋白来自于不适合人类消费的并经有机认证的动物的副产品、下脚料或其它材料。
3)在遇到不可预见的自然灾害情况下，5.4.2中2所提及的百分比允许超出。
5.5允许使用和不允许使用的饲料原料
5.5.1允许使用天然的维生素、微量元素和矿物质等。对人工合成或非天然形态的物质，在使用时应得到认证机构的认可。
5.5.2以下的原料允许使用：
1)供食品用的细菌、真菌和霉菌；
2)食品工业的废料（如糖蜜）；
3)植物性产品。
5.5.3下列产品（或该产品的其它任何形式）不能用作饲料或饲料添加剂：
1)人工合成的生长促进剂和兴奋剂；
2)人工合成的诱食剂；
3)用溶剂（如乙烷）提取的饲料；
4)尿素；
5)纯氨基酸；
6)基因工程生物或产品；
7渔药，但不包括非化学合成的用于增强机体功能的营养性渔药；
8)本准则9.4.3中所列的饲料添加剂。
5.5.4限制直接使用人粪尿及畜禽粪尿来培育水体浮游生物饵料；在天然水域中禁止使用人粪尿及畜禽粪尿。
5.5.5如遇特殊天气情况，需适当使用部分人工合成的化学防腐剂，但应经认证机构认可。
6、疾病控制
6.1原则
疾病防治应重视维护环境和养殖对象微生态平衡的理念，遵循“以防为主，防治结合”的方针。所有的防治措施应围绕抵抗病虫害和防止疾病的传染而进行。所有管理措施特别是生产水平和生长速度应根据生物的健康而定。应尽量减少活的水产生物的搬运，以免因损伤而导致疾病的发生。在选择疾病治疗措施的时候，动物的健康和安全是最重要的因素。
6.2控制疾病的主要措施
根据养殖对象可能发生的疾病预先采取相应的防治措施，如生态防治、免疫防治以及非化学的药物防治。疾病发生后应查找原因，根据病因采取相应的措施。在治疗时，生物的方法和非化学药物的防治方法应首先予以考虑。疾病防治应尽可能减少对养殖对象和环境的危害与影响。对于不可治愈的疾病，应及时将养殖对象焚烧销毁。
6.3允许使用的药物和制剂
6.3.1提倡采用物理与生物的方法治疗养殖对象的病害。在控制得力的情况下，经认证机构认可，允许使用安全性高的部分渔药和天然植物药。
6.3.2如果本地区发生某种病害，在其它管理技术不能控制且国家法律法规许可的情况下，允许进行疫苗防治，但是活疫苗应无外源病原污染，灭活疫苗的佐剂未被水产生物完全吸收前，该水产生物不能作为有机食品。
6.4禁止使用的药物和制剂
1)激素和人工合成的生长促进剂；
2)抗生素、有机化学消毒剂和农药等；
3)GMO方法产生的渔药、疫苗及制剂等。
6.5保存完整的疾病防治记录的档案。其中记录应该包括：
1)发病时间、症状、死亡情况、水质情况等；
2)疾病防治的细节，包括治疗用药的经过、治疗时间和疗程等；
3)所用药物的商品名称、生产单位、产品批号和主要有效成分；
4)患病动物所在的养殖水域的标志或编号；
5)病原生物的鉴定。
7、捕捞
7.1原则
捕捞行为不应该对生产区域产生不良影响，并且只能在有机生产规定的范围内进行捕捞。
7.2捕捞工具与方式
提倡网捕及钓捕等不损伤养殖对象的捕捞方式；开放式水体的捕捞量应保证不超过生态系统的可持续生产的产量。
7.3禁止采用的捕捞行为
化学诱捕、电捕、敲捕、鸬鹚捕及炸捕等。
8、活体运输
8.1运输原则
根据养殖对象、运输的水质、温度、溶解氧、季节、天气等选择合适的运输工具，应该尽量减少运输距离和次数。尽量按照对水产生物最合适的方式运输，避免对运输对象造成不利影响和物理损伤，运输设备或材料不应该对运输对象有潜在的毒性。
8.2运输应考虑以下因素：
1)水质状况；
2)运输水体大小；
3)运输密度；
4)运输距离和时间；
5)防止运输对象逃逸的措施；
6)运输过程应该有专人对运输对象的健康负责。
8.3不允许的运输行为
8.3.1运输前或运输期间使用化学合成的镇静剂、麻醉剂、增氧剂和兴奋剂等。
8.3.2高密度和长时间运输。
9、粗加工（捕杀）
9.1原则
捕杀措施和技术应该根据生物的生理学和行为学特性仔细考虑，防止生物体内有害物质（如毒素）等的自身污染，而且要考虑民族习惯。
9.2捕杀加工方式
在动物放血以前为了避免不必要的痛苦，动物应该处于无知觉状态。采用迅速致死的方式杀死水产生物。