近几年，我国有机食品产业迅速发展。但有机食品认证过程中的不规范行为，影响了行业声誉。国家环境保护总局有机食品发展中心主任肖兴基认为，只有采取切实有效的措施，才能提高有机食品的市场诚信度、推动有机食品产业发展。
肖兴基说，在农村生态环境保护、农业可持续发展和食品安全保障等方面，我国有机食品认证都起到了积极作用，但目前有机食品认证也存在不少问题。
第一，部分有机食品生产企业重认证、轻贯标和咨询。与国外同类标准相比，目前，我国《有机产品》标准（GB／T19630－2005）在一定程度上对生产企业的农业质量管理体系要求更高。而农业生产者特别是农民，在质量体系文件编制方面的力量很薄弱，且受有机农产品咨询专家数量和咨询费用的限制，部分有机农产品的生产单位重认证结果、轻咨询工作，仅邀请质量认证咨询专家编写质量管理文件，却很少向生产和加工技术专家咨询，结果造成“两张皮”：写的是一套，做的是另一套，导致真正的有机生产技术水平并不高。
第二，有机食品认证工作自身的难度较大。有机食品生产是一项集管理、技术、诚信和环保于一体的系统工程。有机生产倡导不使用化学合成的肥料、农药、生长调节剂和畜禽饲料添加剂等物质，也不采用基因工程获得的生物及其产物。相对于其他传统安全食品认证特别重视终端产品的认证而言，有机食品则强调从育种、播种、病虫草害防治、收获、加工、运输到销售的全过程监控，并通过完整的记录体系来实施追踪审查。因有机食品生产自身的特殊性、复杂性，造成了有机食品认证的工作量大、难度系数和风险性相对较高。
第三，认证机构差异较大。认证机构的诚信和自律是提高认证有效性的关键。当前，国家认监委根据统一的有机食品认证规章和标准，对全国有机食品认证活动进行统一管理。自1995年以来，除少数国外有机认证机构进入中国开展有机食品的出口认证外，国内不同类型、不同区域、不同规模的有机食品认证机构不断增多，经国家认监委批准注册的有近30家，少数认证机构在尚未得到国家认可资质的情况下就开展有机认证业务，这将影响认证的有效性。
第四，有机认证机构对获证企业的监管力度不够。当前，一些认证机构对获证企业重认证、轻监督，导致一些获证单位的违规行为得不到及时有效纠正，加上有机食品执法监管还没完全到位，这将影响我国有机食品的质量、认证市场的声誉和认证的有效性。
第五，有机食品认证的诚信问题。与其他认证一样，有机食品认证的有效性直接关系到行业的信誉。自GB／T19630－2005《有机产品》国家标准颁布实施以来，国家对标准宣贯力度不断加大，我国有机食品行业保持着每年20％～30％的增长速度，但强劲的市场拉动也有可能使极少数认证机构只顾眼前利益，仅看重数量的增长，使消费者对有机食品认证的有效性和权威性产生怀疑。
肖兴基认为，为了促进我国有机认证事业的健康发展，及时规范认证机构行为、提高有机食品认证有效性已势在必行。有机食品认证机构应建立诚信机制，高度重视有机食品认证的有效性；有机食品生产企业应加强品牌意识，抵制没有资质、弄虚作假的认证机构；政府职能部门应加大监管力度，严厉打击有机食品认证和生产中的违法行为。