一、是审核的不对称性。审核方与受审核方分别处于支配和被支配的地位，可能导致受审核方接受不公正的审核结论。
二、是审核的不确定性。一方面由于认证标准的通用性，针对具体的行业、产品、活动，可能导致对标准理解的不一致，使审核准则存在不确定因素；同时，抽样审核的采用，决定了审核证据基于可获得信息的样本，对于没有抽查到的区域、场所、过程、活动、人员等，其实际情况存在着不确定性，由此带来一定的风险。
三、是审核的复杂性。管理体系和管理活动因组织的不同而有所区别，审核员能力的不足特别是专业能力的限制，可能造成审核的充分性与有效性不够。
四、是受审核方的配合度。出于某种目的，受审核方不愿意提供充分、必要的审核证据，或由于其他方面的障碍，影响审核目的的达成。
为规避审核风险，审核员首先应树立风险防范意识，认识到审核所承担的社会责任。认证不仅是对组织管理体系的认可，对认证机构和从业人员而言，认证更是一种社会责任；对公众而言，认证则意味着一种保证、一种承诺。第二，要树立科学、严谨的工作作风，严格执行认证认可准则，防止由于审核工作不严谨而造成的审核风险。第三，注重专业知识学习，避免由于自身能力不足而带来的审核风险。第四，善于总结审核经验，识别审核过程中可能产生的风险并加以防范。