专业从事有机食品知识培训和有机食品认证的国家环境保护总局有机食品发展中心的总工程师邰崇妹副研究员认为，在有机食品加工过程中，对食品添加剂等配料的使用，应严格遵守相应的有机食品法规、掌握使用要点。
Ø 加工所用的配料必须经过许可
有机食品加工所用的配料必须是经过认证的有机原料、天然的或认证机构许可使用的。这些有机配料在终产品中所占的重量或体积不得少于配料总量的95％。当有机配料无法满足需求时，允许使用非人工合成的常规配料，但不得超过所有配料总量的5％。一旦有条件获得有机配料时，应立即使用有机配料替换。使用了非有机配料的加工厂都必须提交将其配料转换为100％有机配料的计划。
允许在加工中使用少量的非有机配料，但不能是人工合成的禁用物质，当然也不能是转基因工程的产品。只有获得认证的有机原料（也包括获得认证的天然配料或认证机构许可使用的少量添加剂等配料）在终产品中所占的重量或体积比率大于95％以上，并且是由认证机构认可的设施加工和包装的食品，才可以使用有机认证标志。
有机加工企业不能心安理得地长期使用非有机配料。每一个有机加工者都应该为实现其产品的有机完整性做出努力；否则，一旦今后有机法规修改，不再允许使用非有机配料，或者同类有机食品的市场竞争加剧时，使用非有机配料的企业就会变得十分被动。例如，某加工厂由于当年无法获得经过认证的有机白砂糖，因而在其终产品中含有3％的常规白砂糖，该产品根据标准通过了有机认证；但由于有其他同行的加工厂生产出了100％有机成分的同类产品，且也获得了有机认证，那么，前者的市场竞争力就明显不如后者，或者其产品价格就可能会明显降低。同时，从坚持有机完整性的角度考虑，100％有机原料也是所有有机从业者的追求目标。
Ø 同一配料不能并存几种形态
在有机食品加工所用的配料中，同一种配料禁止同时含有有机、常规或转换成分。
既然可以得到有机配料，就不应该再使用非有机的同一种配料，本来只允许最多有5％的非有机配料存在，与95％的有机原料相比，这应该是一种小量的配料，既然能够得到这种有机配料，就应该全部使用有机的，这也是保证产品有机完整性的要求。例如，制造某种豆制品需要100吨大豆原料，如果只能买到96吨有机大豆，于是，加工厂就用了4吨转换期大豆或常规大豆，这样做是违反有机食品标准的；在这种情况下，加工者只要不使用这4吨转换期大豆或常规大豆，减少一点豆制品的产量，就可以满足有机食品标准的要求。对于小比例配料的要求，也是如此。
Ø 水和盐不计入有机加工的配料
作为配料的水和食用盐，必须符合国家食品卫生标准，但二者不计入有机加工的配料。
只要加工将用的水符合国家相关食品标准，就可以在有机加工中使用。某些有机饮品中的水分占了很大比例，如果将水计入总量，势必不能反映有机食品各类成分的真实比例，因此，不能将水计入有机配料的总量。在计算有机配料比例时，应扣除水和盐的重量。例如，一种有机饮料由90％的水、5％的有机水果原汁和5％的常规糖配制加工而成，由于水不能计入配料，该产品的实际配料比是有机配料与常规配料各占50％，所以，这样的产品是不能被认证为有机饮料的。
再如，一种油汆花生产品中有94％的有机花生、4％常规棕榈油和2％的食盐，如果将食盐计入配料，则该产品就不符合95％有机配料的要求。但由于食盐不计入配料，所以，有机花生占配料的实际比例是95.9％，因此，该产品可以被认证为有机食品。
根据有机食品标准，任何形式的水（包括矿泉水、纯净水、地下水等）和食盐都不应该被纳入有机认证之列。
Ø 严格限用营养强化剂
禁止使用矿物质、维生素、氨基酸和其他从动植物中人工分离的纯物质，法律规定必须使用或可证明食物营养成分中严重缺乏的例外。
这条规定允许有例外情况，但不可利用这个例外规则在有机食品加工中随意或大量使用维生素等物质，因为，其前提是“法律规定”或“严重缺乏”；如果不能提供法律规定文件，或不能证明严重缺乏，则添加上述物质就是违反规定的行为，这样加工出来的食品不能获得有机认证。
例如，对于市场上流行的富硒米等产品，除非是从天然富含硒的土壤上生产出来的产品；否则，即使大米或其他粮食产品是按照有机标准加工出来的，这些添加了人工合成的物质的食品也不能通过有机认证。
不过，有机食品标准并没有禁止使用天然来源的矿物质和维生素；当然，这要符合上述的“例外原则”。
Ø 禁止使用转基因配料
在有机食品加工过程中，禁止使用来自转基因的配料、添加剂和加工助剂。
对于基因工程技术及其产物的生物安全性问题，学术界的争论一直没有停止，反而有愈演愈烈的趋势。目前，在基因工程产物对人类、生态和环境的影响方面的讨论尚没有结果，在许多消费者对基因产品安全性存有疑虑的情况下，世界各国的有机认证机构都把基因工程技术及其产物排除在有机认证的范畴之外。因此，有机食品加工企业如欲在加工中使用未被列入标准允许或限制使用物质表中的物质，必须首先征得认证机构的认可，并提供相关的说明和证明材料，特别要证明不存在与基因工程技术或其产物有关联的问题。
在有机食品加工中，应十分注意原料的转基因问题，尤其是从事来料加工的有机加工企业，一定要在看到原料的有机认证证书及有机原料的非转基因证明后，才可接受原料。
除原料外，最容易存在转基因问题的是加工中使用的微生物制剂，如添加的酶、曲等。现在，在这类产品的生产中，使用生物技术相当普及，因此，需要特别加以注意，谨防错用、误用，从而导致前功尽弃的后果。
对于为有机农业服务的生产资料，如微生物肥料、微生物农药等产品的生产，也应充分注意其中可能存在的转基因物质和技术问题。
Ø 出口的有机食品应符合进口国的标准
据国家环境保护总局有机食品发展中心的邰崇妹副研究员称，对于需要出口的有机食品等有机产品，还必须了解进口国对有机产品的标准和要求。例如，日本的有机JAS标准规定，在有机生产或加工过程中不允许使用碳酸氢钾；美国允许在加工过程中使用过氧化氢，欧盟则禁止使用；欧盟允许在加工中使用活性炭，而美国则不允许。出口的有机产品，必须在遵守我国有机产品认证标准的同时，也符合进口国和地区的相关有机标准。