凡具有绿色食品生产条件的单位和个人，出于自愿申请使用绿色食品标志使用权的申请人，申请程序如下：
1、申请人向所在省、自治区、直辖市绿色食品办公室（以下简称绿办）领取申请表格及有关资料。
2、申请人按要求填写“绿色食品标志使用申请书”、“企业及生产情况调查表”，并连同有关资料（见附件1）一并报省（区、市）绿办。
3、由省（区、市）绿办派检查员赴申报企业及其原料产地进行实地调查，考察后写出正式报告。
4、由省（区、市）绿办委托有关环境评价单位（通过省级以上计量认证）、赴申报企业进行农业环境质量调查与评价。
5、以上材料由省（区、市）绿办初审后报送中国绿色食品发展中心审核。
6、中国绿色食品发展中心审核材料后，下达一审结果。一审结果有三种情况：若申报材料不合要求，则下达一审意见，企业收到一审意见后应在两个月内对有关问题作出如实的答复；若材料中有违反原则性的问题，则不予通过，且当年不再受理该企业的申报；若材料合格，即下抽样单，绿办据此抽样单按有关规定进行抽样，抽样后封好样送到指定的食品检测部门进行检测。
7、食品质检部门将检测报告直接寄往中国绿色食品发展中心，中心对此报告进行终审，合格即通知企业办理有关手续，签定《绿色食品标志使用协议书》。
8、绿色食品标志使用证书有效期为三年。在此期间，绿色食品生产企业须接受中心、绿办或中心委托的监测机构对其产品进行抽检及年检，并履行“绿色食品标志使用协议”。期满后若欲继续使用绿色食品标志，须于期满前三个月办理重新申请手续。