所谓工程是指将自然科学原理应用到工农业生产部门中去而形成的学科的总称。绿色食品工程是指将农学、生态学、环境科学、营养学、卫生学等多学科的原理运用到食品的生产、加工、贮运、销售以及相关的教育、科研等各环节，从而形成一个完整的无公害、无污染的优质食品的产供销管理系统。
绿色食品工程注重生产基地、环境和食品监测、市场运行、科研教育等各子系统之间的结构和联系，通过标志管理等方法，宏观调控系统因子。各层次之间的平衡，使其达到一个完整的有机整体。以市场为先导；无污染的原料基地为基础；环境监测、食品检验为保证；教育培训、宣传为推广手段；依靠先进的科学技术，带动生产条件的优化、耕作技术的改进，推动农业现代化进程，逐步实现经济效益、社会效益、生态效益的良性循环，为我国的环境保护事业做出贡献。