绿色食品生产过程控制是绿色食品质量控制的关键环节，绿色食品生产过程标准是绿色食品标准体系的核心。绿色食品生产过程标准包括两部分：生产资料使用准则和生产操作规程。
1、生产资料使用准则
生产资料使用准则是对生产绿色食品过程中物质投入的一个原则性的规定，它包括农药、肥料、兽药、水产养殖用药、食品添加剂和饲料添加剂的使用准则。
⑴、生产绿色食品农药使用准则
绿色食品生产应从作物－病虫草等整个生态系统出发，综合运用各种防治措施，创造不利于病虫草害孳生和有利于各类天敌繁衍的环境条件，保持农业生态系统的平衡和生物多样化，减少各类病虫草害所造成的损失。
准则中的农药被禁止使用的原因有如下几种：
①高毒、剧毒，使用不安全；
②高残留，高生物富集性；
③各种慢性毒性作用，如迟发性神经毒性；
④二次中毒或二次药害，如氟乙酰胺的二次中毒现象；
⑤三致作用，致畸、致癌、致突变；
⑥含特殊杂质，如三氯杀螨醇中含有DDT；
⑦代谢产物有特殊作用，如代森类代谢产物为致癌物ETU(乙撑硫脲)；
⑧对植物不安全、药害；
⑨对环境、非靶标生物有害。
对允许限量使用的农药除严格规定品种外，对使用量和使用时间作了详细的规定。对安全间隔期(种植业中最后一次用药距收获的时间，在养殖业中最后一次用药距屠宰、捕捞的时间称休药期。)也作了明确的规定。为避免同种农药在作物体内的累积和害虫的抗药性，准则中还规定在Ａ级绿色食品生产过程中，每种允许使用的有机合成农药在一种作物的生产期内只允许使用一次，确保环境和食品不受污染。
⑵、生产绿色食品的肥料使用准则
绿色食品生产使用的肥料必须是：一是保护和促进使用对象的生长及崐其品质的提高；二是不造成使用对象产生和积累有害物质，不影响人体健康；三是对生态环境无不良影响。规定农家肥是绿色食品的主要养分来源。
准则中规定生产绿色食品允许使用的肥料有七大类26种在AA级绿色食品生产中除可使用Cu、Fe、Mn、Zn、B、Mo等微量元素及硫酸钾、锻烧磷酸盐外，不使用其它化学合成肥料，完全和国际接轨。A级绿色食品生产中则允许限量地使用部分化学合成肥料(但仍禁止使用硝态氮肥)，以对环境和作物(营养、味道、品质、和植物抗性)不产生不良后果的方法使用。
⑶、生产绿色食品的其它生产资料及使用原则
生产绿色食品的其它主要生产资料还有兽药、水产养殖用药、食品添加剂、饲料添加剂等，它们的正确合理使用与否，直接影响到绿色食品畜禽产品、水产品、加工品的质量。如兽药残留影响到人们身体健康，甚至危及生命安全。为此中国绿色食品发展中心制订了《生产绿色食品的兽药使用准则》、《生产绿色食品的水产养殖用药使用准则》、《生产绿色食品的食品添加剂使用准则》、《生产绿色食品的饲料添加剂使用准则》，对这些生产资料的允许使用品种、使用剂量、最高残留量和最后一次休药期天数作出了详细的规定，确保绿色食品的质量。
2、绿色食品生产操作规程
绿色食品生产操作规程是绿色食品生产资料使用准则在一个物种上的细化和落实。包括农产品种植、畜禽养殖、水产养殖和食品加工等四个方面。
⑴、种植业生产操作规程
种植业的生产操作规程系指农作物的整地播种、施肥、浇水、喷药及收获等五个环节中必须遵守的规定。其主要内容是：
①植保方面，农药的使用在种类、剂量、时间和残留量方面都必须符合《生产绿色食品的农药使用准则》；
②作物栽培方面，肥料的使用必须符合《生产绿色食品的肥料使用准则》，有机肥的施用量必须达到保持或增加土壤有机质含量的程度；
③品种选育方面，选育尽可能适应当地土壤和气候条件，并对病虫草害有较强的抵抗力的高品质优良品种；
④在耕作制度方面，尽可能采用生态学原理，保持特种的多样性，减少化学物质的投入。
⑵、畜牧业生产操作规程
畜牧业的生产操作规程系指在畜禽选种、饲养、防治疫病等环节的具体操作规定。其主要内容是：
①选择饲养适应当地生长条件的抗逆性强的优良品种；
②主要饲料原料应来源于无公害区域内的草场、农区、绿色食品种植基地和绿色食品加工产品的副产品；
③饲料添加剂的使用必须符合《生产绿色食品的饲料添加剂使用准则》崐，畜禽房舍消毒用药及畜禽疾病防治用药必须符合《生产绿色食品的兽药使用准则》；
④采用生态防病及其它无公害技术。
⑶、水产养殖业生产操作规程
水产养殖过程中的绿色食品生产操作规程，其主要内容是：
①养殖用水必须达到绿色食品要求的水质标准；
②选择饲养适应当地生长条件的抗逆性强的优良品种；
③鲜活饵料和人工配合饲料的原料应来源于无公害生产区域；
④人工配合饲料的添加剂使用必须符合《生产绿色食品的饲料添加剂使用准则》；
⑤疾病防治用药必须符合《生产绿色食品的水产养殖用药使用准则》；
⑥采用生态防病及其它无公害技术。
⑷、食品加工业绿色食品生产操作规程
其主要内容是：
①加工区环境卫生必须达到绿色食品生产要求；
②加工用水必须符合绿色食品加工用水标准；
③加工原料主要来源于绿色食品产地；
④加工所用设备及产品包装材料的选用必须具备安全无污染条件；
⑤在食品加工过程中，食品添加剂的使用必须符合《生产绿色食品的食品添加剂使用准则》。
目前中国绿色食品发展中心正委托国内权威机构，按东北、华北、西北、华中、华东、西南、华南七个地理区分别制定，其中华北地区已有19个物种的生产操作规程制定完成。