绿色食品最终产品必须由中国绿色食品发展中心指定的食品监测部门依据绿色食品卫生标准检测合格，绿色食品卫生标准参照有关国家、部门、行业标准制定，通常高于或等同现行标准，有些还增加了检测项目。绿色食品卫生标准一般分为三部分：农药残留、有害重金属和细菌等。农药残留通过检测杀螟硫磷、倍硫磷、敌敌畏、乐果、马拉硫磷、对硫磷、666、DDT、二氧化硫等物质的含量来衡量；细菌通过检测大肠杆菌和致病菌等来衡量，另外，有些产品的卫生标准中还包括黄曲霉毒素和溶剂残留量等。
例1：粮食类产品的绿色食品卫生标准检测项目有：磷化物、氢化物、二硫化碳、氯化物、氢化物、黄曲霉毒素B1、七氯、艾氏剂、狄氏剂、666、DDT、敌敌畏、乐果、马拉硫磷、对硫磷、杀螟硫磷、倍硫磷、砷、汞、镉，共二十一项指标，而常规的粮食类产品卫生检测项目只检测马拉硫磷、磷化物、氢化物、二硫化碳、氯化物、砷、汞、666、DDT、黄曲霉毒素B1等十项指标。
例2：全脂加糖奶粉的绿色食品卫生标准检测项目有：铅、铜、汞、砷、锌、硒、硝酸盐、亚硝酸盐、666、DDT、黄曲霉素、抗生素、细菌总数、大肠菌群、致病菌十五项指标。奶粉常规卫生检测一般只检测细菌、大肠茵群和致病菌。
这就是绿色食品卫生标准和普通食品卫生标准在检测项目方面的区别所在。