第一阶段，从农垦系统启动的基础建设阶段(1990-1993年)
1990年，绿色食品工程在农垦系统正式实施。在绿色食品工程实施后的三年中，完成了一系列基础建设工作，主要包括：在农业部设立绿色食品专门机构，并在全国省级农垦管理部门成立了相应的机构；以农垦系统产品质量监测机构为依托；建立起绿色食品产品质量监测系统；制订了一系列技术标准；制订并颁布了《绿色食品标志管理办法》等有关管理规定；对绿色食品标志进行商标注册；加入了“有机农业运动国际联盟”组织。与此同时，绿色食品开发也在一些农场快速起步，并不断取得进展。1990年绿色食品工程实施的当年，全国就有127产品获得绿色食品标志商标使用权。1993年全国绿色食品发展出现第一个高峰，当年新增产品数量达到217个。
第二阶段，向全社会推进的加速发展阶段(1994年-1996年)
一阶段绿色食品发展呈现出五个特点：
(1)产品数量连续两年高增长。1995年新增产品达到263个,超过1993年最高水平1.07倍；1996年继续保持快速增长势头，新增产品289个，增长9.9％。
(2)农业种植规模迅速扩大。1995年绿色食品农业种植面积达到1700万亩，比1994年扩大3.6倍，1996年扩大到3200万亩，增长88.2％。
(3)产量增长超过产品个数增长。1995年主要产品产量达到210万吨,比上年增加203.8％，超过产品个数增长率4.9个百分点；1996年达到360万吨，增长71.4％，超过产品个数增长率61.5个百分点，表明绿色食品企业规模在不断扩大。
(4)产品结构趋向居民日常消费结构。与1995年相比，1996年粮油类产品比重上升53.3％，水产类产品上升35.3％，饮料类产品上升20.8％，畜禽蛋奶类产品上升12.4％。
(5)县域开发逐步展开。全国许多县(市)依托本地资源，在全县范围内组织绿色食品开发和建立绿色食品生产基地，使绿色食品开发成为县域经济发展富有特色和活力的增长点。
第三阶段，向社会化、市场化、国际化全面推进阶段(1997年至今)
绿色食品社会化进程加快主要表现在：中国许多地方的政府和部门进一步重视绿色食品的发展；广大消费者对绿色食品认知程度越来越高；新闻媒体主动宣传、报道绿色食品；理论界和学术界也日益重视对绿色食品的探讨。
绿色食品市场化进程加快主要表现在：随着一些大型企业宣传力度的加大，绿色食品市场环境越来越好，市场覆盖面越来越大，广大消费者对绿色食品的需求日益增长，而且通过市场的带动作用，产品开发的规模进一步扩大。绿色食品国际市场潜力逐步显示出来，一些地区绿色食品生产企业生产的产品陆续出口到日本、美国、欧洲等国家和地区，显示出了绿色食品在国际市场上的强大竞争力。
绿色食品国际化进程加快主要表现在：对外交流与合作深度和层次逐步提高，绿色食品与国际接轨工作也迅速启动。为了扩大绿色食品标志商标产权保护的领域和范围，绿色食品标志商标相继在日本国和香港地区开展注册；为了扩大绿色食品出口创汇，中国绿色食品发展中心参照有机农业国际标准，结合中国国情，制订了AA级绿色食品标准，这套标准不仅直接与国际接轨，而且具有较强的科学性、权威性和可操作性。另外，通过各种形式的对外交流与合作，以及一大批绿色食品进入国际市场，中国绿色食品在国际社会引起了日益广泛的关注。