1) GAP主要关注新鲜果蔬的微生物危害，没有解决与食品生产和环境相关的其他问题（比如：杀虫剂残留、化学污染物）。在评估GAP中最能促成操作过程微生物危害减少的相关建议时，种植者、包装者和运输者应努力确立实施方案以避免因疏忽而造成食品供应活环境中可能增加的风险。
2) GAP焦点在于降低风险而不是消除风险。当前的技术无法彻底去除与新鲜果蔬相关的所有潜在危害。
3）GAP仅提供广泛的、一般的科学原理，操作者应使用指南以帮助评估特定生产条件下（气候上的、地理上的、文化和经济上的）的微生物危害，适当实施经济有效的风险降低策略。
4）随着信息和技术的深入发展，人们将不断扩大识别和降低食品微生物危害的理解，政府机构也将不断采取措施（如适当修订GAP或提供附录或增加指南文件）更新GAP的建议和信息。美国FDA和USDA 鼓励操作者从州或地方的公共卫生、环境、农业、服务机构、联邦机构和服务延伸部门去寻求更多的帮助。