开展良好农业规范认证依据的基本规范是《良好农业规范认证实施规则》（CNCA-N-004:2007）。
开展良好农业规范认证依据的标准是《良好农业规范》系列国家标准。标准主要分为三部分，即农场基础标准（如《良好农业规范 第2 部分：农场基础控制点与符合性规范》（GB/T 20014.2）），种类标准（如《作物基础控制点与符合性规范》（GB/T 20014.3）、《大田作物控制点与符合性规范》（GB/T 20014.4）、《水果蔬菜控制点与符合性规范》（GB/T 20014.5）、《畜禽基础控制点与符合性规范》（GB/T20014.6）和产品模块标准（如《牛羊控制点与符合性规范》（GB/T20014.7）、《家禽控制点与符合性规范》（GB/T 20014.10）、《茶叶控制点与符合性规范》（GB/T 20014.12）、《大黄鱼网箱养殖控制点与符合性规范》（GB/T20014.23）等）。
开展认证时，对相关标准要配套使用，如对水果种植进行认证时认证依据的标准除《农场基础控制点与符合性规范》（GB/T 20014.2）通用标准外，还应使用模块标准《作物基础控制点与符合性规范》（GB/T 20014.3）和产品标准《水果蔬菜控制点与符合性规范》（GB/T 20014.5）；
又如对牛羊养殖进行认证时要依据《农场基础控制点与符合性规范》（GB/T20014.2）、《畜禽基础控制点与符合性规范》（GB/T 20014.6）和《牛羊控制点与符合性规范》（GB/T20014.7）；
再如对罗非鱼池塘养殖进行认证，需依据《农场基础控制点与符合性规范》（GB/T20014.2）、《水产养殖基础控制点与符合性规范》（GB/T 20014.13）和《水产池塘养殖基础控制点与符合性规范》（GB/T 20014.14）、《罗非鱼池塘养殖控制点与符合性规范》（GB/T20014.19）。
以农业生产经营者组织申请认证时还需满足质量管理体系（CNCA-N-004:2007《良好农业规范认证实施规则》附件4：农业生产经营者组织质量管理体系）要求。
