20世纪70年代以来，越来越多的人注意到，由于大量使用化肥、农药等农用化学品，现代常规农业在给人类带来高劳动生产率和丰富的物质产品的同时，也使环境和食品受到不同程度的污染、自然生态系统遭到破坏、土地生产能力持续下降。为探索农业发展的新途径，各种形式的替代农业的概念和措施应运而生，有机农业是各种替代农业中发展最快的一支，而有机认证制度是有机农业得以迅速发展的制度基础和体制保证。
有机认证就是由认证机构根据认证标准在对有机生产或加工企业进行实地检查之后，对符合认证标准的产品颁发证明的过程。未经过有机认证的产品，不能称为有机食品，也不得使用任何有机产品标志。只有获得认证的产品方可粘贴认证机构的有机产品标志，所以当消费者看到贴着有机标志的产品时，就知道确实是有机产品，而且从标志上可以看出是由哪家认证机构认证的。因此认证本身就是一个质量控制过程，而且是其中关键的一环；认证机构则是有机食品质量控制体系的一个重要组成部分。
有机认证通常在有机食品生产和销售中起着非常重要的作用，它是保持有机市场健康的基础。这在我们现代工业化社会中更是如此，越来越长的、复杂的加工、分配和销售链条逐渐地使消费者与食物生产相分离。消费者选择从一个现代零售商店购买有机食品或饮料，必须是建立在销售的产品是真正有机的知识与信心的基础上。通过检查和认证组织系统可以保持消费者对有机产品的信心。检查或认证系统使有机产品与“健康食品”、“绿色食品”“宗教食品”区别开来，在消费者的头脑中常常把它们归为同类产品。有机认证因而发展了起来，首先是为有机食品提供一个确认标签（通常是符号或图形），其次是使消费者确信有此标签的食物“从地头到餐桌”全过程都是真正有机的。
为了确保认证过程有力地支持食品是有机生产方式生产的，有机认证必须包括三项原则：（1）有机生产和加工标准的框架；（2）确认这些标准得到了执行；（3）批准生产者或加工者和允许指定产品使用有机标签的有机许可问题。
因此，如果一个农民或食品生产者拥有有机生产执照，这意味着一个独立的组织已经来他们的农场或工厂，检查了他们的生产或加工过程，确认他们遵守了有机标准文件。通过有机标签增加消费者对企业的信任。这种保证是必要的，不仅仅体现在发展和维持消费者对有机食品的信心方面（尤其是它看起来比传统产品更贵），同时对保持每个参与有机食品贸易人的信心方面也是必要的，不管他们是本地的批发商还是各种大零售商。通过制止不道德的“机会主义者”，有机认证加强了有机运动的高伦理标准，而且鼓励和支持了真正的有机生产者。在有机生产者完全依赖于高市场价格，而不是由政府对有机农业的全过程发生的额外费用提供财政补偿的国家中，有机认证制度更为重要。
不可避免的，因为其提供的保证，有机认证对于有机产品“商标”发挥着基础作用，这是关注“绿色”和“伦理”食品的生产商和零售商的主要兴趣所在。在某些情况下，这个商标与特殊的符号或标识相联系。英国的调查显示，85％购买有机食品的人在购买前会搜寻有机标志，而且有96％的人最熟悉一种标志，即土壤协会的标志（OFFC1992）。然而，随着有机产品贸易的国际化发展，消费者越来越熟悉其他的欧洲国家和世界各地的标签，正在开始接受这些标识和符号或“有机”、“生物的”或“生态的”的术语，作为产品真实性的有效的保证。
有机认证制度在有机农业的发展的作用具体表现在：
第一，有机认证形成了合理的约束与激励机制。经营者从事有机生产、加工和销售的主要目的是获取比传统农业更高的利润，而消费者购买有机食品则是因为其有利于健康、以及环境友好和社会公平等附加价值。有机标准规定了有机农产品、畜产品以及加工品在生产、加工、运输、储藏、销售过程中所使用的方法、措施和物质。这一方面限制了经营者所能够使用的要素组合，增加了其成本和费用；另一方面，它又通过认证机构的检查与认证、监管、标签等减少了市场中机会主义行为，增强了消费者对有机产品的信任，使标注有机标签的产品能够获得较高的价格，补偿增加的成本，从而建立了一个合理激励机制，促进了有机农业的发展。
第二，增进有机产品市场秩序。随着经济的发展和生活水平的提高，人们对食品的营养和安全性要求不断提高，也需要到优美自然环境中休闲娱乐。有机产品因为不使用化肥、农药和各种添加剂和调节剂，既有利于健康又能够促进环境的改善，因而，消费者愿意为有机农产品支付较高的价格。但是，由于有机农产品价格较高，也吸引了很多非有机生产企业假冒有机产品销售。对真正的有机农民和消费者团体的重要挑战是不可能通过检测或分析验证一个产品的有机真实性，不能通过存在或不存在化学残留来确定产品是否有机生产方式生产的。因此，以生产方式而不是最终产品定义和管理有机产品的有机认证制度就有机农业发展的基础。它通过“从田头到餐桌”的完整检查与认证以及相配套的监管和有机标签制度，极大地减少了市场中欺诈、假冒等机会主义行为，净化了市场秩序。
第三，防止和化解有机产品生产与销售可能产生冲突。有机认证制度对有机产品的定义，生产、加工和销售等过程中允许和禁止使用的要素、措施和方法，经营企业和认证机构资格与责任，都做出了明确的界定。
第四，增进有机生产者与消费者之间的信任。信息不对称条件下的逆向选择与道德风险问题导致市场失灵或市场运行的低效率。在社会的混乱和无政府状态中，由于信息、监督和执行问题常常难以解决，劳动分工是不可能的。可靠的约定无法做出，人们相互沦为他人机会主义行为的囚徒而难以自拔。在质量不确定的有机产品市场上，完善的有机认证制度在消费者中建立了信誉，向消费者提供了有机产品质量信号，减少了消费者的信息搜寻成本，增进了消费者与生产者之间的信任。