统一管理加强监督
明确四统一的认证制度，加强统一管理。第五条规定，国家推行统一的有机产品认证制度，实行统一的认证目录、统一的标准、统一的认证实施规则、统一的认证标志。
明确行政监管的内容和方式，加强全过程监管。为加强对有机产品认证活动的有效监管，《办法》第五章增加了两项内容：1、国家认监委和地方认证监管部门的监管职责，以及地方认证监管部门中地方各级质监部门和各地出入境检验检疫机构的职责分工（第三十七条、第三十八条的规定）；2、七项地方认证监管部门的监管方式（第三十九条的规定）。国家认监委负责全国有机产品认证的统一管理、监督和综合协调工作。地方各级质监部门和各地出入境检验检疫机构（以下统称地方认证监管部门）按照职责分工，依法负责所辖区域内有机产品认证活动的监督检查和行政执法工作。各地出入境检验检疫机构负责对外资认证机构、进口有机产品认证和销售，以及出口有机产品认证、生产、加工、销售活动进行监督检查。地方各级质监部门负责对中资认证机构、在境内生产加工且在境内销售的有机产品认证、生产、加工、销售活动进行监督检查。
地方认证监管部门监督检查方式为对有机产品认证活动是否符合本办法和有机产品认证实施规则规定的监督检查；对获证产品的监督抽查；对获证产品认证、生产、加工、进口、销售单位的监督检查；对有机产品认证证书、认证标志的监督检查；对有机产品认证咨询活动是否符合规定的监督检查；对有机产品认证和认证咨询活动举报的调查处理；对违法行为的依法查处。
完善罚则，加大对违法行为的处罚力度。《办法》第六章通过对存在的问题设定罚则，加大对认证机构、获证产品认证委托人违法行为的处罚力度，解决了有机产品认证行政执法中执法依据不足的问题。
建立退出机制。新《办法》第四十四条规定获证产品的认证委托人提供虚假信息、违规使用禁用物质、超范围使用有机认证标志，或者出现产品质量安全重大事故的，认证机构5年内不得受理该企业及其生产基地、加工场所的有机产品认证委托。如果考虑转换期、认证申请至认证证书发放的时间，该类企业生产的产品实际将在6~8年内无法再次使用有机产品认证标志。这在一定程度上讲就是一种退出机制。
规范认证活动
完善认证程序，加强有机产品的源头管理。新《办法》第十条将有机产品认证程序明确为现场检查、产品检测、环境监（检）测3个必经程序，即对获得认证企业的生产和加工现场检查；对农业生产阶段大气、土壤、水进行监测、检测；对获得认证的产品在风险分析基础上的检测。保证产品从源头上符合有机产品标准的要求。
这位负责人说，认证机构对认证委托人生产、加工现场的现场检查是有机产品认证过程中最重要的部分，现场检查和产品检测结果也是认证机构作出认证决定的主要依据，有机产品认证实施规则对现场检查人员、现场检查步骤、范围、产品检测、环境监测等进行了详细规定。
限定认证产品目录。有机产品认证的对象必须是列入《有机产品认证目录》内的产品。2012年，国家认监委发布公告，确定了可以进行有机产品认证的产品目录，共计127种产品，其中绝大部分是供人类食用的食品，另外包括供人类食用的植物类中药、人类使用的服装及其纺织用的原料、动物食用的饲料。只有列入目录的产品，认证机构才能接受生产者、加工者的委托，进行有机产品认证。这位负责人介绍说，在原有机产品认证中并没有对认证范围进行任何约束，以致出现了一些不适合进行有机产品认证的产品获得认证。
建立认证证书和标志编号制度，建立完整的有机产品追溯链。新《办法》建立了认证证书统一编号制度、认证标志统一编号制度、档案记录制度，对于出现问题的有机认证产品实施溯源。其中第十二条规定，认证机构的认证过程记录、产品检测机构的检测过程记录和环境监（检）测机构的监（检）测过程记录要完整、真实、准确、可追溯，记录保存期为5年。这位负责人说，过程记录是有机产品追溯体系的重要组成部分，也有机产品认证活动的重要证据，也是对有机产品认证机构、检测和监测机构、获证企业进行监督检查的重要内容。
第三十三条规定，认证机构应当按照国家认监委统一的编号规则，对每枚认证标志进行唯一编号（以下简称有机码），并采取有效防伪、追溯技术，确保发放的每枚认证标志能够溯源到其对应的认证证书和获证产品及其生产、加工单位。这位负责人解释说，一般来讲，通过外观、口味甚至简单的检测都无法区分出有机认证产品和普通产品。为防止有机产品中混杂普通产品或者以非有机产品假冒有机产品，新《办法》建立了有机码制度，采取“一品一码”的方式，对有机产品认证标志使用进行规范。认证机构在向获证企业发放认证标志或者允许生产企业在产品标签上印制有机产品认证标志前，必须按照国家认监委统一的编号规则，赋予每枚认证标志一个唯一编码，认证机构为获证产品发放“有机码”，且上传到“有机产品国家标志备案系统”，每个销售的有机产品或其包装上都带有一个唯一的“有机码”，做到“一品一码”。
再次加工、分装、分割的产品禁止使用有机产品认证标志。近年来，我国有机产品市场乃至有机产品认证存在的一个很大的问题，就是作为有机产品身份识别重要依据的有机产品认证标志、标签标识标注混乱。获证产品在认证证书标明的生产、加工场所外进行再次加工、分装、分割，意味着生产、加工场所发生变更，不能证明产品持续符合有机产品国家标准的要求，根据《有机产品认证实施规则》的规定，应当进行重新认证，证明其符合有机产品国家标准的要求，方可加施中国有机产品认证标志。
建立有机产品认证销售证制度，规范市场秩序。新《办法》第十四条建立和明确了有机产品销售证制度。销售证是由认证机构颁发的文件，声明特定批次或者交付的货物来自获得有机认证的生产单元，通过销售证可以对获证组织销售的认证产品进行范围和数量的控制。销售证有效保证了产品的可追溯性，对获证组织的产量数量进行有效的控制，防止非有机产品与有机产品混淆。
取消有机转换认证及其标志。为了进一步规范有机产品市场秩序，打击非法利用有机转换认证冒充有机认证的行为，《办法》取消了有机转换认证及其标志，从根本上杜绝了获证产品的认证委托人利用有机转换认证冒充有机认证的行为，也有利于消费者统一识别和正确理解有机产品概念。
取消含有机配料加工产品未获得有机产品认证的标识规定。为了进一步规范有机产品市场秩序，防止未获得有机产品认证而仅含部分有机配料的加工产品，在其产品上标注“有机配料生产”、“有机”等文字冒充有机产品且误导公众以为该产品为有机产品的行为，新《办法》取消了总局67号令中关于含有机配料加工产品未获得有机产品认证可在其产品标注“有机配料生产”或配料为“有机”字样的规定，有利于消费者统一识别和正确理解有机产品概念。
加强进口产品管理
新《办法》增设“有机产品进口”一章，加强对进口有机产品的监督管理。《办法》增设第三章“有机产品进口”。根据《商检法实施条例》的规定并参照国际惯例，对境外有机产品认证体系的等效性评估和进口有机产品监管做出了比较详细的规定。这位负责人说，对进口有机产品的管控过程包括两个方式：一是与国家认监委就有机产品认证体系等效性方面签署相关备忘录的国家或者地区的进口产品，在进口过程中各地出入境检验检疫机构对申报的进口有机产品实施入境验证。二是未签署相关备忘录的国家或者地区的进口产品，应当符合中国有机产品相关法律法规和国家标准的要求，中国的认证机构去国外开展认证活动，目前已经有90多个国外品牌获得中国认证机构认证。
建立风险预警机制
建立认证风险预警机制，保护消费者权益。根据监督检查、消费者投诉、媒体反映出现的有机产品认证问题，《办法》第四十三条规定：“认证监管部门可以根据发布的动植物疫情、环境污染等风险预警、监督检查和消费者投诉、媒体反映等情况，及时发布有机产品认证区域、获证产品及其认证委托人、认证机构的认证风险预警信息，并采取相关应对措施。”
有机产品的生产、加工过程不允许使用化学合成的农药、化肥、食品添加剂和转基因等物质，同时有机产品生产、加工、贮存、运输、流通环节多，产品流动性大，易受常规农业生产和外界环境因素影响，因此监管部门需综合影响有机生产、加工、经营的各种因素，及时发布预警信息，必要时暂停某个区域或某类产品的认证，降低认证风险，保证获证产品质量，保护消费者利益。
发布有机产品认证风险预警信息的主体是认证监管部门，包括国家认监委和地方认证监管部门。发布有机产品认证风险预警信息的依据主要包括：国家有关部门发布的动植物疫情、环境污染风险预警等信息；监督检查；消费者投诉举报；媒体反映。有机产品认证风险预警信息对象包括：有机产品认证区域；获证产品及其认证委托人；认证机构。